Siklus iptalleri
Ovaryan hiperstimülasyon sendromu tüp bebek tedavisinin en önemli komplikasyonudur. Bu sendrom genellikle polikistik over sendromlu hastalarda izlenir. Hekimlerin anne yumurtalarını uyarıcı ilaçları (hormon) uyguladıkları sürece hastaları sürekli kontrole çağırmasının bir nedeni de budur. Anne kanında östrojen hormonunun çok yükselmesi veya yumurtalıkların istenenden fazla yükselmesi nadir de olsa o tedavi siklusunun sonlandırılmasını gerektirebilir.
Yumurtaların toplanması
Tüp bebek yönteminin başarılı olabilmesi için gerekli koşullardan bir tanesi yeterli büyüklükteki ve kalitedeki yumurtanın elde edilebilmesidir. Tüp bebek tedavisinin bu aşamasında ileriki yaşlarda ve yumurtalık zenginliği yetersiz bayanlarda yumurta toplama safhasında yeterli yumurta alınamaması söz konusu olabilmektedir. Bu aksaklığın nedeni anne yaşına, genetik nedenlere veya ilaçlara bağlı olarak yumurtalıklardaki (overlerde) rezervin tükenmesi olabilmektedir.
Döllenme başarısızlıkları
Anneden toplanan yumurtalar ve babadan alınan spermler mikroskop altında yaygın olarak mikroenjeksiyon yöntemiyle döllenir. Ortalama olarak bir tüp bebektedavisinde yumurtaların 65-80′i döllenir. Bu yöntem günümüzde uygulanan en etkili dölleme yöntemidir. Yüksek başarı oranlarına rağmen bazı çiftlerde döllenme olmamaktadır. Tekrarlayan başarısızlıklar ise çiftlerin morallerini ve ekonomilerini ciddi şekilde etkilemektedir. Bugün bu sorunun çözümü için geliştirilmekte olan yöntemler mevcuttur.
Transferdeki zorluk
Tüp bebek tedavisinde olabilecek sorunlardan bir tanesi de üreme sistemindeki bozukluklardır.Annenin üreme sisteminde var olan anatomik bozukluklar döllenmiş olan yumurtaların anne rahmine ulaşmasını engelleyebilir.
Sperm faktörü
Tüp bebek tedavisinde olabilecek sorunlardan biri de sperm faktörüdür.Bazı durumlarda yeterli sayıda ve kalitede sperme ulaşılamayabilir. Bu durum karşısında yapılacak olan döllenme aşamasında uygun sperm alınamadığından dolayı gerçekleşmesi beklenen embriyo (döllenmiş yumurta) oluşamayabilir. Embriyonun oluşmaması durumunda tüp bebek tedavisi yarıda bırakılmak zorunda kalır.
İmplantasyon başarısızlığı olumsuzluklardan biri implantasyon başarısızlığı olarak karşımıza çıkar. İmplantasyon döllenmiş yumurtanın anne rahmine tutunmasıdır. Transfer ile anne rahmine enjekte edilen embyo (lar) nun endometrium denilen iç dokuya tutunamaması implantasyon başarısızlığı olarak bilinir.
Gebelik testi
Tüp bebek tedavisi esnasında bazı durumlarda ise gebelik testi aşamasında testten bir gün önce kanama görülebilir. Söz konusu durum karşısında hamilelik şansı azalmaktadır. Fakat tamamen ortadan kalkar diye bir durum da söz konusu değildir. Belirtildiği üzere hamilelik şansı azalmaktadır.
Ovaryan hiperstimülasyon sendromu
Bazı durumlarda aşırı uyarılma sendromu görülebilmektedir. Yumurtalıkların ilaçlar yardımıyla uyarılarak daha fazla sayıda yumurta elde edilmesi aşamasında yumurtalıklar aşırı uyarılarak kontrolün elden çıkması olayıdır. Her zaman kontrollü bir şekilde yapılamayan tüp bebek tedavisinde bu sendrom karşısında ilaç miktarı azaltılarak süreç kontrol altına alınmaya çalışılır. Aksi takdirde tedavi iptal edilme tehlikesiyle karşı karşıyadır.