Ertesi sabah hapları hormon içeren ilaçlar oldukları için bazı yan etkiler yapabilirler ancak bunlar geçicidir, kalıcı ve önemli bir yan etki beklenmez. En sık görülen yan etki bulantı ve kusmadır. Bu özellikle östrojen ve progesteron hormonunu birlikte içeren haplarda görülür. Sadece progesteron içeren haplar bu açıdan avantajlıdır, fazla bulantı kusma görülmez.Diğer bir yan etki bu haplar alındıktan sonra adet gecikmesi, lekelenme, damla damla kanama veya adet miktarında azalma - artma gibi düzensizliklerdir. Bu etkiler sadece hapın alındığı ay görülür ve geçicidir, sonraki aylarda adetler normal düzenine girecektir. Burada dikkat edilmesi gereken adet gecikmesinin hemen hapın yan etkisine bağlanmamasıdır, adet gecikmesi hamileliğe bağlı da olabilir. Bu nedenle adet gecikmesi yaşanırsa hamilelik testi yapılmalıdır.
Diğer hormon içeren ilaçlarda olduğu gibi göğüslerde dolgunluk, şişme, hassasiyet, baş ağrısı gibi yan etkiler de geçici olarak görülebilir.